En el año de 1996, la Dirección General del IPN propuso la creación de la Unidad Profesional Interdisciplinaria en Ingeniería y Tecnologías Avanzadas (UPIITA). Este proyecto fue supervisado por la Secretaría Académica y la Dirección de Estudios Profesionales en Ingeniería y Ciencias Físico Matemáticas en coordinación con la Escuela Superior de Cómputo (ESCOM) del Instituto Politécnico Nacional.

Conforme al Órgano Informativo oficial del Instituto Politécnico Nacional "Gaceta Politécnica" número 389 del 15 de julio de 1997, se publica el ACUERDO del H. Consejo General Consultivo del IPN del día 27 de junio del mismo año, por el que se dispone de la creación de la Unidad Profesional Interdisciplinaria en Ingeniería y Tecnologías Avanzadas (UPIITA), entrando en vigor al día siguiente de su publicación (16 de julio de 1997), con sus tres carreras: Ingeniería Biónica, Ingeniería Mecatrónica e Ingeniería Telemática, carreras que por su vanguardia y alto nivel de estudios, han sido de gran interés para las nuevas generaciones de estudiantes que egresan del nivel medio superior en el país.

Se creó, así, una Unidad con carácter interdisciplinario para el establecimiento de opciones educativas de calidad, a nivel superior y posgrado, en el ámbito de las tecnologías avanzadas; como respuesta a la tendencia mundial hacia la competitividad y globalización, aunada al vertiginoso avance de la ciencia y la tecnología en todas las áreas del saber humano y su impacto en el sector industrial.

La UPIITA inició sus labores académicas a partir del primer período lectivo 1996-1997, y en ese entonces recibió a 236 alumnos en el primer semestre. En la segunda generación, se tuvo un ingreso de 207 alumnos, en la tercera de 262 alumnos y en la cuarta de 338 alumnos; en el 2009 se recibió a 450 alumnos.

Para el arranque de sus labores que corresponden a la primera generación, se utilizaron algunos salones del edificio de laboratorios de la ESCOM. A partir de febrero de 1997, con la existencia de dos edificios de aulas se traslada a las instalaciones que actualmente ocupa siendo construcciones con características modernas como alumbrado automático, piso falso en los espacios destinados para laboratorios de cómputo, así como acabados en madera que les hacen lucir acorde a las expectativas de desarrollo de la Unidad.

La construcción del edificio de laboratorios inició el 10 de mayo de 1999, y quedó terminado durante el 2000. Este edificio de laboratorios, ocupa una superficie de mil 552 metros cuadrados y consta de planta baja y dos pisos. La obra terminada tiene un total de 4 mil 656 metros cuadrados.